相田爱在老师的信赖下，成为了大贝第一中学学生会会长。在一次社会科的户外活动，她和同学来到地标建筑四叶塔（Clover Tower）参观，一路上忙着照顾众人。就在她终于可以停下来，期待展望台的景色时，巨

长得像婴儿一样可爱的里包恩（西萩五十铃 配音），真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令，来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉（国分优香里 配音），并把他培养成合格

只要是有美味佳肴的地方，就一定会出现一位自称美少女天才魔导士的莉娜，和一位自称是其保护者的高里。一如往常地来到以盛产章鱼闻名的海边城市，想说只需帮忙捕鱼便可免费享用章鱼美食；却因莉娜太过于热衷捕鱼，造成不只鱼群所在处，甚至连船只都遭受破坏，最后能享受到章鱼美食的只有高里……。不过这却是整个恐怖事件的起源！一食用章鱼的人就会得到所谓「只会说章鱼话」的怪病，因而高里也被传染了。但是事件演变到没吃章鱼的人也被传染怪病，灾害持续扩大；听说高里深陷危机而前来帮忙的杰路刚帝士和阿梅莉亚也被传染，甚至连唯一的救星莉娜也

　　莉娜与娜卡的面前突然出现一位泪汪汪的美少女。她的名字叫莎琳娜，十天前她所居住的比亚兹村落，被一个名为塔因的秘密组织所驱使的下级恶魔占领，她是来请求她们帮忙，并且述说恶党们还胁迫村人去做一些挖掘的工作。平常要是没有酬劳，莉娜是不会接受委托的。不过她却突然想起在比亚兹村落有著"妖精之传说"，便接下了此次的任务。　　从本作开始，「用拖鞋殴打娜卡」和「在结尾争夺钱币」的片段剧情在剧场版中变成惯例。

莉娜和娜卡正优闲自在地在可尔多伦城市内享受美食，一群龙之集团突然出现在她们的面前。率领龙之集团的美少女玛蕾妮和可尔多伦的士兵们展开对决，莉娜她们就这么不知所以然地被卷入这场骚动。不过，龙之军团却在莉娜要施展攻击魔法时全数逃之夭夭。卡伯特城的领主卡伯特召见她，并述说事件的起因。因为看到莉娜的身手如此厉害，便拜托她帮忙，只要将其爱女玛蕾妮带回，就付赏金200枚金币。但其实这一次骚动的原因是他的女儿要求提高零用钱不成所引起的。同一时刻，玛蕾妮付给娜卡日薪，请她协助打倒她的父亲。到了隔天，事态的演变却越来越严重…

故事中的世界是以中世纪欧洲为基本架构，除了人类以外还有龙、精灵以及哥布林的存在，是典型的托尔金系统中的奇幻世界。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战；魔为了争取长杖毁灭世界而战。赤眼魔王和赤龙神为了各自的目的而战。赤龙神将赤眼魔王击败，并将它分为七部份。为了防范魔族的行动，他化为四个分身固守着四方。一千年前，魔王的一部份觉醒了。它率领着魔族们向赤龙神的一个分身——水龙王挑战。魔王五个手下中的四个设下了结界，由它和魔龙王一起直接跟水龙王决斗。后来，魔王的计划宣告失败，魔龙王被封印。魔族的行动渐趋寂静……一千

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游