当危机笼罩在小镇维尔时，泡泡、花花和毛毛接到召唤：飞天小女警！在她们的导师尤托尼姆教授的悉心指导下，三姐妹与各种各样的恶行反派展开激烈对抗，在睡前拯救世界。飞天小女警第三季是三个超级英雄，她们在上学、打击犯罪、跳格子游戏和睡前拯救世界之间交替进行。市长召唤她们用超能力对抗罪犯。

渡假胜地阿米堤海滩曾多次有人被大白鲨侵袭，警长夫人艾伦对此心有余悸。多年后，其子西恩接替警长职位，他在一次出海巡逻中神秘失踪，显然是受到了大白鲨的侵袭，在艾伦悲痛之时，神秘的航海冒险家出现在她身边，于是他们一起联手对付大白鲨。