2018年9月 —— 平凡的高中生们正在为各自的前途奋战。明光院景都正为了梦想的柔道金牌而努力，然而，他在比赛中受伤，从此再难踏上柔道选手之路。明光院心灰意冷之时，神秘的青年突然出现并拿出手表及驱动器……此外，班级里也突然来了一位名为海东大树的转学生……错综复杂的阴谋，层层交叠的陷阱。等待着明光院、庄吾还有月读的，究竟是什么样的未来?

在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣 桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话……